Zamek Čechy pod Kosířem od dawna angażuje się w ochronę letniej kolonii podkowca małego, który wykorzystuje nagrzany słońcem strych zamku jako letnią kryjówkę. Każdego roku, od maja do sierpnia, ponad sto samic wychowuje tu swoje młode. Oprócz podkowca małego znaleziono tu również ślady bytowania innych gatunków nietoperzy ukrywających się w szczelinach między łatami dachowymi (np. mroczek późny i gacek brunatny). Ponadto zróżnicowane środowisko parku zamkowego zapewnia zwierzętom obfite dostawy pożywienia.
W 2018 i 2019 r. starannie przeprowadzono niezbędną rekonstrukcję dachu zamku, dzięki czemu lokalna kolonia podkowca małego nie była zagrożona. Współpraca w zakresie ochrony nietoperzy jest kontynuowana dzięki udziałowi zamku w międzynarodowym projekcie LIFE+ PODKOWIEC TOWERS (LIFE20 NAT/PL/001427), w ramach którego w 2023 r. zainstalowano drewniane platformy chroniące konstrukcje budowlane przed odchodami nietoperzy, a jednocześnie ułatwiające regularne sprzątanie po wylocie letniej kolonii.
W czerwcu 2023 r. zamek dołączył również do projektu ČESON „Wycieczki do świata nietoperzy: poznaj swoich zagrożonych sąsiadów”, dzięki któremu odwiedzający mogą dowiedzieć się o życiu nietoperzy za pomocą zabawnych arkuszy roboczych lub interpretacji lokalnych przewodników. W ten sposób zamek stał się 69. miejscem na tzw. Mapie Nietoperzy, która od 2015 r. jest stale uzupełniana o nowe miejsca, w których można dowiedzieć się czegoś o życiu nietoperzy (napude.sousednetopyr.cz/navstivte-netopyry/netopyri-mapa).
W uznaniu dobrej współpracy w zakresie ochrony nietoperzy, administracja zamku została uhonorowana pamiątkową tablicą „Naszym sąsiadem jest nietoperz”. Tablica i certyfikat zostały przekazane kasztelanowi podczas Międzynarodowej Nocy Nietoperzy 15 września 2023 r., która odbyła się na zamku po raz pierwszy.