Gatunki docelowe 

Projekt koncentruje się na podkowcy małym, jako gatunku flagowym, ponieważ występuje on we wszystkich krajach i posiada historię udanych interwencji, akceptowanych przez społeczeństwo. 

Obejmuje jednak ochroną także inne gatunki zagrożone w poszczególnych krajach (w nawiasach podano ich status w poszczególnych krajach). Wszystkie gatunki nietoperzy objęte działaniami ochronnymi są wymienione w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej, Porozumieniu EUROBATS, i w odpowiednim prawodawstwie krajowym.

  • CZ podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, nocek duży Myotis myotis (w całym kraju CR) 
  • PL podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, nocek duży Myotis myotis, nocek orzęsiony Myotis emarginatus (wszystkie U1), mopek zachodni Barbastella barbastellus (DD)
  • RO podkowiec mały Rhinolophus hipposideros (FV), podkowiec średni Rhinolophus mehelyi, podkowiec śródziemnomorski Rhinolophus euryale, nocek długopalcy Myotis capaccinii, nocek orzęsiony Myotis emarginatus – (pozostałe U1) 
  • SK podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, podkowiec śródziemnomorski Rhinolophus euryale, nocek Bechsteina Myotis bechsteinii (U1), mopek zachodni Barbastella barbastellus, podkasaniec Miniopterus schreibersii (U1) 

We wszystkich przypadkach niekorzystny status gatunku (U1) związany jest z dostępnością, jakością i bezpieczeństwem schronień.  

Podkowiec mały ma kolonie rozrodcze w obu miejscach, w których będzie w ramach projektu prowadzona interwencja. W zamku Čechy pod Kosířem przebywa w lecie około 100-200 samic, a w Ruda nad Moravou – 40-70 samic.
Duża kolonia nocka dużego (do 1000 samic) zasiedla strych zamku Ruda nad Moravou.

W Polsce obszar projektu pokrywa wszystkie obiekty Natura 2000, w których celem ochrony jest podkowiec mały. Oznacza to, że różnymi działaniami ochronnymi objęta zostanie cała populacja tego nietoperza, szacowana na 14 000 osobników. Podkowce są w Polsce zagrożone (status ochronny EN – Polska Czerwona Księga).

Nocki orzęsione zasiedlają mniej więcej ten sam obszar, co podkowce, ich liczebność to co najmniej 4500 osobników (wszystkie w obszarze projektu), status ochronny na obszarze projektu: –EN (Polska Czerwona Księga)

Wielkość polskiej populacji nocka dużego jet nieznana, status ochronny na obszarze projektu: – VU (Polska Czerwona Księga).

Mopek zachodni ma w Polsce liczebność szacowaną (w 2016 roku) na co najmniej 6500 osobników. Jednak w obszarze projektu wielkość populacji nie jest znana, status ochronny na obszarze projektu DD (Polska Czerwona Księga)  oznacza brak wystarczających informacji. Mopek to jeden z najbardziej tajemniczych gatunków, niewiele znanych jest stanowisk rozrodczych, nieco łatwiej znaleźć je w zimie, zwłaszcza, gdy przy większych mrozach chowają się do bardziej osłoniętych schronień. Latem chętnie korzystają z budek szczelinowych.

Wszystkie gatunki nietoperzy objęte działaniami ochronnymi w Rumunii są wymienione w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej, Porozumieniu EUROBATS i w odpowiednim prawodawstwie krajowym

Podkowiec średni (Rhinolophus mehelyi) to gatunek znany z dwóch stanowisk w Rumunii (maks. 1000 osobników w kraju), które są najbardziej na północ wysuniętymi punktami zasięgu tego gatunku w Europie. Nietoperze te występują w jaskiniach przez cały rok (hibernacja, rozród i gody). Opuszczają jaskinie na krótko, aby żerować.

W wypadku pierwszego ze stanowisk, nietoperze są bezpieczne, gdyż jaskinia jest praktycznie niedostępna dla ludzi. Drugie znane stanowisko, Ungurului de la Pecenișca, to otwarta jaskinia z łatwym dostępem, zlokalizowana w pobliżu popularnego szlaku turystycznego. Z tego powodu zamieszkujące jaskinię nietoperze są narażone na niepokojenie przez cały rok, co zmniejsza szansę przetrwania kolonii.
 
Podkowiec mały znany jest z dużej liczby jaskiń (głównie miejsc hibernacji), jednak odkryto zaledwie kilka kolonii rozrodczych w całej Rumunii. W koloniach rozrodczych (samice z młodymi) rozwija się nowe pokolenie, dlatego ich ochrona musi mieć najwyższy priorytet. W ROSCI0069 Domogled – Valea Cernei CCCL monitoruje jedną z największych kolonii rozrodczych tego gatunku w Jaskini Despicătura (około 50 samic + młodych), dawnej jaskini termalnej, która znajduje się tuż przy ruchliwej ulicy. Z tego powodu kolonia jest mocno narażona na regularne niepokojenie i potencjalny wandalizm. Jaskinia potrzebuje zamknięcia przyjaznego nietoperzom, aby uniemożliwić dostęp do kolonii nieświadomym odwiedzającym. 
 
Podkowiec śródziemnomorski występuje w dużych koloniach w obu obszarach Natura 2000 (Domogled – Valea Cernei i Porțile de Fier). Cztery stanowiska (po dwa w każdym obszarze) różnią się wielkością kolonii. Kolonie chronione w ramach projektu są znaczące w skali Europy.

Nocek długopalcy, ściśle związany z jaskiniami, znany jest głównie z południowo-zachodniej Rumunii, z około 15-20 miejsc, wszystkie pod ziemią. Obszar ROSCI0206 Porțile de Fier to twierdza gatunku, z kilkoma jaskiniami, w których kolonie utrzymują się przez cały rok. Spośród tych miejsc najbardziej narażona na niepokojenie i wandalizm jest jaskinia Gaura cu Muscă z koloniż liczącą około 250-300 nietoperzy w okresie rozrodczym. 
 
Kolonie nocka orzęsionego są rzadkie w Rumunii, znanych jest jedynie kilka stanowisk na obszarze całego kraju będących koloniami rozrodczymi. W ROSCI0206 Porțile de Fier, w 2018 roku, zidentyfikowaliśmy kolonię rozrodczą tego gatunku, znajdującą się w Jaskini Veterani (około 50-60 nietoperzy). Jaskinia ta jest atrakcją turystyczną Parku Przyrody Porțile de Fier, odwiedzaną przez tysiące turystów rocznie. Obecnie nie ma żadnych informacji dla turystów na temat nietoperzy, ich ochrony i prawidłowego zachowania wewnątrz jaskini, co skutkuje zwiększonym niepokojeniem w najbardziej wrażliwym okresie cyklu życia nietoperzy, jakim jest macierzyństwo. 

Podkowiec mały na Słowacji tworzy małe kolonie lęgowe w niewielkich budynkach na terenach leśnych, a do hibernacji wykorzystuje przestrzenie podziemne, zwłaszcza okoliczne jaskinie. Kolonie letnie w niektórych miejscach mogą napotykać problemy ze strony właścicieli budynków. Chaty często są pozostawione bez opieki i grozi im samoistne zniszczenie lub wyburzenie.
Podkowiec śródziemnomorski występuje na obszarze Natura 2000 Bradlo, gdzie wielkość populacji rozrodczej ocenia się na 2000-4000 osobników 
Podkasaniec tworzy z podkowcem śródziemnomorskim mieszaną kolonię, gdzie do rozrodu przystępuje ok. 1000-1500 osobników. 
Mopek zachodni występuje w wielu miejscach, ale znana jest tylko jedna niewielka, bo licząca nieco ponad 20 osobników, kolonia rozrodcza w całej Słowacji.
Nocek Bechsteina jest tylko nieco lepiej poznany od mopka. Dwa stanowiska rozrodcze w dziuplach drzew znaleziono w obszarach Muranska planina(ok. 40 osobników w dziupli drzewa). W obszarze Gavurky regularnie rozradzają się w dziuplach drzew – do 51 osobników w drzewach, sześć to kolonie rozrodcze, siódma to kolonia nie rozrodcza.  
 
Nocek orzęsiony występuje w trzech obszarach (Kamenna baba, Muranska planina, Bradlo), zazwyczaj w małych koloniach rozrodczych w budynkach na terenach leśnych. Do hibernacji wykorzystują przestrzenie podziemne, zwłaszcza okoliczne jaskinie. Kolonie letnie w niektórych miejscach mogą napotykać problemy ze strony właścicieli budynków.
Nocek duży ma jedno znane w obszarze projektu stanowisko. Około 25 osobników żeruje w obszarze Gavurky, w pobliżu zbiornika wodnego.