Správa zámku Čechy pod Kosířem se dlouhodobě podílí na ochraně letní kolonie vrápence malého, která jako úkryt využívá zámecké sluncem vyhřáté půdy. Každoročně zde od května do srpna odchovává svá mláďata více než sto samic. Kromě vrápenců zde byly zjištěny i pobytové známky dalších druhů, které se ukrývají ve štěrbinách mezi podbitím střechy (např. netopýr večerní a ušatý). Pestré prostředí zámeckého parku poskytuje letounům nepřebernou nabídku potravy.
V letech 2018 a 2019 byla šetrně provedena potřebná rekonstrukce zámecké střechy tak, aby nedošlo k ohrožení místní kolonie vrápenců. Spolupráce při ochraně vrápenců pokračuje i zapojením zámku do mezinárodního projektu LIFE+ PODKOWIEC TOWERS (LIFE20 NAT/PL/001427), kdy v průběhu roku 2023 byly instalovány dřevěné podlážky, jenž chrání stavební konstrukce před netopýřím trusem a močí a zároveň usnadňují pravidelný úklid po odletu letní kolonie.
V červnu 2023 se správa zámku rovněž zapojila do projektu ČESON „Výpravy do světa netopýrů aneb poznejte své ohrožené sousedy“, díky němuž mohou návštěvníci poznávat život netopýrů pomocí hravých pracovních listů nebo výkladu místních průvodců. Zámek se tak stal 69. místem na tzv. netopýří mapě, která je od r. 2015 neustále doplňována o nová místa, kde se veřejnost může dozvědět něco o životě netopýrů (napude.sousednetopyr.cz/navstivte-netopyry/netopyri-mapa).
Za dlouhodobou spolupráci při ochraně netopýrů byla správě zámku udělena památeční plaketa „Náš soused je netopýr“. Kastelán ocenění převzal 15. září 2023 v rámci Mezinárodní noci pro netopýry, jenž se zde konala poprvé.
